Comparação do desempenho da metodologia Real Time PCR para quantificação da carga viral do HIV-1 em amostras de sangue aplicadas em papel de filtro (DBS) e plasma

Guimarães, Priscilla Lopes da Silva

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Centro de Ciências Biológicas e da Saúde (CCBS)
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MEDI - Dissertações de Mestrado
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dc.contributor.advisor	Silva, Walter de Araujo Eyer
dc.contributor.author	Guimarães, Priscilla Lopes da Silva
dc.date.accessioned	2018-12-11T19:24:44Z
dc.date.available	2018-12-11T19:24:44Z
dc.date.issued	2018-03-07
dc.identifier.citation	GUIMARÃES, Priscilla Lopes da Silva. Comparação do desempenho da metodologia Real Time PCR para quantificação da carga viral do HIV-1 em amostras de sangue aplicadas em papel de filtro (DBS) e plasma. 2018. 82 f. Dissertação (Mestrado em Infecção HIV/AIDS e Hepatites Virais) - Universidade Federal do Estado do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, 2018.	pt_BR
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/unirio/12649
dc.description.sponsorship	n/a	pt_BR
dc.language.iso	Portuguese	pt_BR
dc.rights	openAccess	pt_BR
dc.title	Comparação do desempenho da metodologia Real Time PCR para quantificação da carga viral do HIV-1 em amostras de sangue aplicadas em papel de filtro (DBS) e plasma	pt_BR
dc.title.alternative	Comparison of the performance of the Real Time PCR methodology for quantification of HIV-1 viral load in applied to filter paper (DBS) and plasma	pt_BR
dc.type	masterThesis	pt_BR
dc.contributor.advisor-co	Teixeira, Sylvia Lopes Maia
dc.contributor.referee	Silva, Walter de Araujo Eyer
dc.contributor.referee	Teixeira, Sylvia Lopes Maia
dc.contributor.referee	Ribeiro, Luiz Claudio Pereira
dc.contributor.referee	Villar, Livia Melo
dc.contributor.referee	Souza, Fabiana Barbosa Assumpção de
dc.contributor.referee	Côrtes, Fernanda Heloise
dc.degree.department	CCBS	pt_BR
dc.degree.grantor	Universidade Federal do Estado do Rio de Janeiro - UNIRIO	pt_BR
dc.degree.level	Mestrado Profissional	pt_BR
dc.degree.local	Rio de Janeiro, RJ	pt_BR
dc.degree.program	Programa de Pós-Graduação em Infecção HIV/AIDS e Hepatites Virais	pt_BR
dc.subject.cnpq	CIÊNCIAS DA SAÚDE	pt_BR
dc.subject.cnpq	MEDICINA	pt_BR
dc.subject.cnpq	DOENÇAS INFECCIOSAS E PARASITÁRIAS	pt_BR
dc.subject.en	HIV-1	pt_BR
dc.subject.en	DBS – Dry Blood Spots	pt_BR
dc.subject.en	Viral load	pt_BR
dc.description.abstracten	The determination of HIV-1 plasmatic viral load (VL) is of great importance for monitoring the course of the disease (AIDS), and its periodic measurement also contributes for the understanding of the natural history of the infection, the evolution and the prognosis of the disease. In some geographic regions, there are difficulties both in the access to blood collection stations as in the processing and storage of biological material. In this context, the use of DBS (Dried Blood Spot) for blood collection constitutes a facilitating alternative for countries with limited resources and hard to reach places. The aim of the present study was to evaluate the feasibility of using DBS for HIV-1 VL in clinical samples, initially for use in the Laboratory of AIDS & Molecular Immunology of IOC/FIOCRUZ. To this end, the Real Time PCR methodology was employed, using the Abbott m2000sp and m2000rt platforms for viral RNA extraction and quantification, respectively. For samples collected in DBS a previous treatment step with a specific buffer was performed before the viral RNA extraction. Exploratoryand statistical analyzes of the results were performed. The standardization of the previously established protocol for plasmatic VL quantification by Abbott for use with DBS was performed successfully. Out of the 92 samples stratified in different VL categories (A, B, C and D) according to plasmatic and DBS VL quantifications, 80% showed concordance between VL categories and, when evaluated separately, 85% had similar values, considering the difference of 0.5 log10. Plasmatic and DBS VL quantifications were correlated (R2 = 0.92; Pearson’s correlation coefficient = 0.924). In the same way, a good agreement between the methods was observed (mean difference = -0.22 log10). A Standard Operating Procedure (SOP) of the Real Time PCR technique for HIV-1 VL detection from DBS was successfully developed for initial use at the Laboratory of Aids & Molecular Immunology of IOC/FIOCRUZ.	pt_BR
dc.degree.country	Brasil	pt_BR
dc.description.sponsordocumentnumber	n/a	pt_BR
dc.description.abstractpt	A determinação da carga viral (CV) plasmática do HIV-1 é de grande importância para o monitoramento do curso da doença (aids), e sua mensuração periódica contribui também para a compreensão da história natural da infecção, da evolução e do prognóstico da doença. Em algumas regiões geográficas há dificuldades tanto no acesso a postos para coleta de sangue como no processamento e armazenamento do material biológico. Nesse contexto, o uso do DBS (Dried Blood Spot) para coleta de sangue constitui uma alternativa facilitadora para países com recursos limitados e locais de difícil acesso. O objetivo do presente estudo foi avaliar a viabilidade do emprego do DBS para quantificação da carga viral do HIV-1 em amostras clínicas, inicialmente para uso no Laboratório de Aids e Imunologia Molecular do IOC/FIOCRUZ. Para isso, foi empregada a metodologia de Real Time PCR, utilizando as plataformas da Abbott m2000sp para extração e m2000rt para quantificação do RNA viral, respectivamente. Para as amostras coletadas em DBS foi realizada uma etapa prévia de tratamento com um tampão específico antes da extração do RNA viral. Análises exploratórias e estatísticas dos resultados foram realizadas. A padronização do protocolo já estabelecido para quantificação da CV plasmática pela empresa Abbott para uso com DBS foi realizada com sucesso. Do total de 92 amostras estratificadas em faixas distintas (A, B, C e D) de acordo com as quantificações de CV plasmáticas e em DBS, 80% apresentaram concordância entre as faixas de CV e, quando avaliadas separadamente, 85% apresentaram valores comparáveis, considerando-se a diferença de 0,5log10. Os valores de CV no plasma e no DBS mostraram-se correlacionados (R2 = 0.92; coeficiente de correlação de Pearson = 0.924). Da mesma forma, foi observada uma boa concordância entre os métodos (diferença média = -0.22 log10). Um Procedimento Operacional Padrão (POP) da técnica de PCR em tempo real para detecção da CV do HIV-1 a partir de DBS foi desenvolvido com sucesso para uso, inicialmente, no Laboratório de Aids & Imunologia Molecular do IOC/FIOCRUZ.	pt_BR
dc.subject.pt	HIV-1	pt_BR
dc.subject.pt	DBS – Dry Blood Spots	pt_BR
dc.subject.pt	Carga viral	pt_BR