Sequenciamento de Nova Geração do gene CFTR: Um suporte para a  medicina de precisão no Rio de Janeiro.

Coelho, Amanda Cambraia Alves

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Centro de Ciências Biológicas e da Saúde (CCBS)
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dc.contributor.advisor	Cabello, Giselda Maria Kalil de
dc.contributor.author	Coelho, Amanda Cambraia Alves
dc.date.accessioned	2025-08-20T16:26:33Z
dc.date.available	2025-08-20T16:26:33Z
dc.date.issued	2018-12-14
dc.identifier.citation	COELHO, Amanda Cambraia Alves.Sequenciamento de Nova Geração do gene CFTR: Um suporte para a medicina de precisão no Rio de Janeiro. 2018. 91f. Dissertação (Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular e Celular) - Universidade Federal do Estado do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, 2018.	pt_BR
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/unirio/14686
dc.description	Não foram localizados os números dos processos de fomento.	pt_BR
dc.description.sponsorship	Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES).	pt_BR
dc.description.sponsorship	Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro (FAPERJ).	pt_BR
dc.language.iso	Portuguese	pt_BR
dc.rights	openAccess	pt_BR
dc.title	Sequenciamento de Nova Geração do gene CFTR: Um suporte para a medicina de precisão no Rio de Janeiro.	pt_BR
dc.title.alternative	Next generation sequencing of the CFTR gene: A support for a precision medicine in Rio de Janeiro.	pt_BR
dc.type	masterThesis	pt_BR
dc.contributor.advisor-co	Campos Júnior, Mario
dc.contributor.referee	Cabello, Giselda Maria Kalil de
dc.contributor.referee	Paiva, Carmen Lucia Antão
dc.contributor.referee	Mesquita, Joelma Freire de
dc.contributor.referee	Firmida, Mônica de Cássia
dc.contributor.referee	Ramos, Vivianne Galante
dc.degree.department	CCBS	pt_BR
dc.degree.grantor	Universidade Federal do Estado do Rio de Janeiro - UNIRIO	pt_BR
dc.degree.level	Mestrado Acadêmico	pt_BR
dc.degree.local	Rio de Janeiro, RJ	pt_BR
dc.degree.program	Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular e Celular	pt_BR
dc.subject.cnpq	GENÉTICA	pt_BR
dc.subject.cnpq	MUTAGENESE	pt_BR
dc.subject.en	Cystic Fibrosis	pt_BR
dc.subject.en	CFTR	pt_BR
dc.subject.en	Next Generation Sequencing	pt_BR
dc.subject.en	Illumina	pt_BR
dc.subject.en	Mutation panel,	pt_BR
dc.subject.en	Precision medicine.	pt_BR
dc.description.abstracten	Cystic Fibrosis (CF) is an autosomal recessive disease, recognized as one of the most prevalent in Caucasian populations. Epidemiological data from other populations show that their incidence varies between countries and between ethnic groups in the same region. CF occurs due to mutations in the CFTR gene, located on chromosome 7q31.2. This gene encodes the CFTR protein, a transmembrane channel responsible for the flow of chlorine, sodium and water. The patients with CF present mutations that affect normal function or cause the absence of this protein, resulting in a reduction in the excretion of chlorine and an increase in flow of sodium and water into the cell with the function of maintaining homeostasis. To date, more than 2000 variants have been registered in the CFTR gene, which are found in the coding and intronic regions. The study of these mutations leads to the diagnosis and a possibility of a specific treatment for each patient from precision medicine. The aim of this study was to perform the complete screening of the CFTR gene through Next Generation Sequencing (NGS) to increase the knowledge of the mutations circulating in the population of Rio de Janeiro in order to provide access to treatment through genotype-specific therapies. A total of 93 patients with an unconcluded molecular diagnosis were selected, 74 of whom had previously been screened based on a panel of 28 mutations from the Human Genetics Laboratory (LGH), where 34 had a CFTR mutation and 38 no detected variants. For the screening of mutations throughout the length of the CFTR gene, we used the Illumina NGS HiSeq platform, where the samples were enriched by the TruSeq® method. A total of 47 patients had two pathogenic mutations and 11 were identified with only one CFTR variant. The remaining 35 remained without the molecular diagnosis defined. In these 58 patients, 24 variants not previously found in LGH and 16 that were already part of the panel were identified. Of these 24 variants, a mutation had not yet been described in the CF databases. The three most frequent mutations in our sample were F508del, 3120+1G>A and G542X with frequencies of 27.4%, 10.4% and 8.5% of the alleles, respectively. In addition, sequencing was performed in ten patients who did not participate in the NGS, the tracking of the 23 new variants, which allowed the conclusion of the diagnosis of 3 individuals. A new mutation not previously described was found in one of these patients. To identify the origin of this new variant we performed the molecular study of the parents, where it was defined that the mutation was inherited from its father. Our goals were fully achieved once we expanded our panel of mutations, completed the diagnosis of patients, and identified possible candidates for genotype-specific treatments.	pt_BR
dc.degree.country	Brasil	pt_BR
dc.description.sponsordocumentnumber	n/a	pt_BR
dc.description.abstractpt	A Fibrose Cística (FC) é uma doença autossômica recessiva, reconhecida como uma das mais prevalentes em populações caucasianas. Dados epidemiológicos de outras populações mostram que a sua incidência varia entre os países e entre os grupos étnicos de uma mesma região. A FC ocorre devido a mutações no gene CFTR, localizado no cromossomo 7q-31.2. Este gene codifica a proteína CFTR, um canal transmembranar responsável pelo fluxo de cloro, sódio e água. Os fibrocísticos apresentam mutações que afetam a função normal ou causam a ausência dessa proteína, acarretando em uma redução na excreção de cloro e um aumento do fluxo de sódio e água para o interior da célula com a função de manter a homeostase. Até o momento, já foram registradas mais de 2000 variantes no gene CFTR, sendo estas encontradas nas regiões codificantes e intrônicas. A exploração dessas mutações leva ao diagnóstico e a uma possibilidade de um tratamento específico para cada paciente a partir da medicina de precisão. O objetivo deste estudo foi realizar o rastreamento completo do gene CFTR através do Sequenciamento de Nova Geração (NGS), para ampliar o conhecimento das mutações que circulam na população do Rio de Janeiro com intuito de proporcionar o acesso ao tratamento mediante as terapias genótipo-específico. Foram selecionados 93 pacientes com diagnóstico molecular inconclusivo, 74 dos quais já haviam sido submetidos a um rastreamento prévio baseado no painel de 28 mutações identificadas no Laboratório de Genética Humana (LGH) – IOC, sendo que 34 apresentavam uma mutação CFTR e 38 sem nenhuma variante. Para o rastreamento de mutações em toda a extensão do gene CFTR, utilizamos a plataforma de NGS Illumina HiSeq, onde as amostras foram enriquecidas através do método TruSeq®. Um total de 47 pacientes apresentaram duas mutações patogênicas e 11 foram identificados com apenas uma variante CFTR. Os 35 restantes permaneceram sem o diagnóstico molecular definido. Nesses 58 pacientes foram identificadas 24 variantes ainda não encontradas no LGH e 16 que já faziam parte do painel. Dentre estas 24 variantes, uma mutação ainda não havia sido descrita nos bancos de dados de FC. As três mutações mais frequentes na nossa amostra foram a F508del, 3120+1G>A e G542X com frequências de 27,4%, 10,4% e 8,5% dos alelos, respectivamente. Ademais, foi realizado em dez pacientes que não participaram do NGS, o rastreamento das 23 novas variantes o que permitiu concluir o diagnóstico de 3 indivíduos. Uma nova mutação ainda não descrita foi encontrada em um destes pacientes. Para identificar a origem desta nova variante realizamos o estudo molecular dos pais, onde ficou definido que a mutação foi herdada do seu progenitor. Os nossos objetivos foram plenamente alcançados uma vez que expandimos nosso painel de mutações, concluímos o diagnóstico dos pacientes e identificamos os possíveis candidatos para tratamentos genótipo-específico.	pt_BR
dc.subject.pt	Fibrose Cística	pt_BR
dc.subject.pt	CFTR	pt_BR
dc.subject.pt	Sequenciamento de Nova Geração	pt_BR
dc.subject.pt	Sequenciamento Illumina	pt_BR
dc.subject.pt	Painel de Mutações	pt_BR
dc.subject.decs	Fibrose Cística	pt_BR
dc.subject.decs	Regulador de Condutância Transmembrana em Fibrose Cística	pt_BR
dc.subject.decs	Sequenciamento de Nucleotídeos em Larga Escala	pt_BR
dc.subject.decs	Medicina de Precisão	pt_BR