Caracterização genética de cepas brasileiras e filogeografia do complexo de espécies  Prorocentrum lima (Dinophyceae).

Goulart, Amanda Santos

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dc.contributor.advisor	Salgueiro, Fabiano
dc.contributor.author	Goulart, Amanda Santos
dc.date.accessioned	2025-10-06T19:13:38Z
dc.date.available	2025-10-06
dc.date.available	2025-10-06T19:13:38Z
dc.date.issued	2022-06-20
dc.identifier.citation	GOULART, Amanda Santos. Caracterização genética de cepas brasileiras e filogeografia do complexo de espécies Prorocentrum lima (Dinophyceae). 2022. Dissertação (Mestrado em Biodiversidade Neotropical) – Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, 2022.	pt_BR
dc.identifier.uri	http://hdl.handle.net/unirio/14720
dc.description.sponsorship	n/a	pt_BR
dc.language.iso	Portuguese	pt_BR
dc.rights	openAccess	pt_BR
dc.title	Caracterização genética de cepas brasileiras e filogeografia do complexo de espécies Prorocentrum lima (Dinophyceae).	pt_BR
dc.title.alternative	Genetic characterization of Brazilian strains and phylogeography of the Prorocentrum lima species complex (Dinophyceae).	pt_BR
dc.type	masterThesis	pt_BR
dc.contributor.advisor-co	Nascimento, Silvia Mattos
dc.contributor.referee	Salgueiro, Fabiano
dc.contributor.referee	Paiva, Paulo
dc.contributor.referee	Fraga Rivas, Santiago
dc.degree.department	CCBS	pt_BR
dc.degree.grantor	Universidade Federal do Estado do Rio de Janeiro - UNIRIO	pt_BR
dc.degree.level	Mestrado Acadêmico	pt_BR
dc.degree.local	Rio de Janeiro	pt_BR
dc.degree.program	Programa de Pós-Graduação em Ciências Biológicas	pt_BR
dc.subject.cnpq	Área: BIODIVERSIDADE. Subáera: ZOOLOGIA	pt_BR
dc.subject.en	Prorocentraceae	pt_BR
dc.subject.en	South Atlantic Ocean	pt_BR
dc.subject.en	rDNA	pt_BR
dc.subject.en	Dinophysistoxins	pt_BR
dc.subject.en	Ocadaic Acid	pt_BR
dc.description.abstracten	The benthic dinoflagellate Prorocentrum lima is found in temperate and tropical latitudes around the world, being considered a species complex (“Prorocentrum lima species complex” - PLSC). The strains of the complex synthesize toxins such as okadaic acid (OA) and dinophysistoxins (DTXs), responsible for the gastrointestinal syndrome known as DSP (Diarrhetic Shellfish Poisoning). The present work aims to revisit the PLSC, including strains isolated from the coast and Brazilian oceanic islands, integrating phylogenetic and phylogeographic analyses. The ITS (Internal Transcripted Space), LSU (Large SubUnit) and SSU (Small Subunit) loci of ribosomal DNA (rDNA) from 23 Brazilian strains were sequenced and analyzed together with rDNA sequences from 191 PLSC strains available in Genbank. Phylogenetic analyses were performed using Maximum Likelihood and Bayesian Inference, the Brazilian sequences clustered into three (clades 1, 2 and 3) of the four PLSC clades in phylogenetic reconstructions based on the ITS and LSU loci and in two (clades 1+2 and 3) of the three clades in the phylogenetic reconstructions based on the SSU locus. The genetic distances between the four PLSC clades, mainly in the ITS marker, were greater than those observed among other Prorocentrum species. Bayesian population structure analysis (BAPS) based on the ITS, LSU and SSU loci revealed 4, 5 and 3 clusters, respectively. These clusters correspond to the main PLSC clades and subclades observed in the phylogenetic reconstructions. Considering the phylogeographic analyses, 18 haplotypes were found for the ITS marker, 21 for the LSU and five for the SSU. According to the haplotypic distribution maps, the haplotypes referring to clades 1 and 3 (ITS and LSU) and clade 1+2 and 3 (SSU) showed a wide distribution, occurring in tropical and subtropical regions of the Atlantic Oceans, Pacific and Indian. The haplotypes referring to clade 2 (ITS and LSU) occurred exclusively in the Atlantic Ocean. The haplotypes referring to clade 4 were observed in temperate regions of the North Atlantic Ocean, Mediterranean Sea and South Pacific Ocean. Taking into account all the analyses carried out, it is concluded that the PLSC is composed of at least three distinct genetic lineages, with partially overlapping biogeographic distribution, which may correspond to different species.	pt_BR
dc.degree.country	Brasil	pt_BR
dc.description.sponsordocumentnumber	n/a	pt_BR
dc.description.abstractpt	O dinoflagelado bentônico Prorocentrum lima é encontrado em latitudes temperadas e tropicais de todo o mundo, sendo considerado um complexo de espécies (“Prorocentrum lima species complex” - PLSC). As cepas do complexo sintetizam toxinas como o ácido ocadaico (OA) e dinofisistoxinas (DTXs), responsáveis pela síndrome gastrointestinal conhecida como DSP (Diarrhetic Shellfish Poisoning). O presente trabalho visa revisitar o PLSC, incluindo cepas isoladas da costa e ilhas oceânicas brasileiras, integrando análises filogenéticas e filogeográficas. Os loci ITS (Internal Transcripted Space), LSU (Large SubUnit) e SSU (Small Subunit) do DNA ribossomal (rDNA) de 23 cepas brasileiras foram sequenciados e analisados em conjunto com sequencias do rDNA de 191 cepas do PLSC disponíveis no Genbank. Nas análises filogenéticas realizadas usando Máxima Verossimilhança e Inferência Bayesiana as sequências brasileiras agruparam-se em três (clados 1, 2 e 3) dos quatro clados do PLSC observados nas árvores baseadas nos loci ITS e LSU e em dois (clados 1+2 e 3) dos três clados nas reconstruções filogenéticas baseadasno locus SSU. As distâncias genéticas entre os quatro clados do PLSC, principalmente no marcador ITS, foram maiores do que as observadas entre outras espécies de Prorocentrum. A análise bayesiana da estrutura populacional (BAPS) baseada nos loci ITS, LSU e SSU revelou 4, 5 e 3 clusters, respectivamente. Estes clusters correspondem aos principais clados e subclados do PLSC observados nas reconstruções filogenéticas. Considerando as análises filogeográficas, foram encontrados 18 haplótipos do marcador ITS, 21 do LSU e cinco do SSU. De acordo com os mapas de distribuição haplotípica, os haplótipos referentes aos clados 1 e 3 (ITS e LSU) e clado 1+2 e 3 (SSU) apresentaram uma ampla distribuição, ocorrendo em regiões tropicais e subtropicais dos Oceanos Atlântico, Pacífico e Indico. Os haplótipos referentes ao clado 2 (ITS e LSU) ocorreram exclusivamente no Oceano Atlântico. Os haplótipos referentes ao clado 4 foram observados em regiões temperadas do Oceano Atlântico Norte, Mar Mediterrâneo e Oceano Pacífico Sul. Levando-se em consideração todas as análises realizadas, conclui-se que o PLSC é composto por pelo menos três linhagens genéticas distintas, com distribuições biogeográficas parcialmente sobrepostas, que podem corresponder à diferentes espécies.	pt_BR
dc.subject.pt	Prorocentraceae	pt_BR
dc.subject.pt	Oceano Atlântico Sul	pt_BR
dc.subject.pt	rDNA	pt_BR
dc.subject.pt	Dinofisistoxinas	pt_BR
dc.subject.pt	Ácido Ocadaico	pt_BR
dc.subject.decs	Oceno Atlântico	pt_BR
dc.subject.decs	DNA Ribossômico	pt_BR
dc.subject.decs	Ácido Okadáico	pt_BR